A Copa de 1962 quase repetiu o regulamento dos torneios de 1954 e 1958. Os 16 participantes foram divididos em quatro grupos de quatro equipes, que se enfrentaram. Os dois melhores colocados de cada chave classificaram-se para as quartas de final, que era disputada em jogo único, assim como semifinal e final.

A única diferença estava no critério de desempate da primeira fase. Se duas equipes fizessem o mesmo número de pontos, avançava a que tivesse o melhor saldo de gols -até a Copa anterior, era realizado um jogo-desempate.

Chile, país-sede, e o Brasil, atual campeão, já estavam garantidos. As outras 14 vagas foram disputadas por 55 times, sendo 30 da Europa, 8 da América do Sul, 7 da África, 4 da América Central, 3 da América do Norte e 3 da Ásia.

Ao fim das eliminatórias, 10 dos 14 classificados eram europeus, 3 da América do Sul e 1 da América do Norte.